W największym oknie północnego ramienia transeptu, ponad retabulum z obrazem Matki Bożej Podkamieńskiej, umieszczono witraż inspirowany treścią Apokalipsy św. Jana. Jest to przedstawienie Niewiasty obleczonej w słońce i aniołów, które nawiązuje do wielowiekowej tradycji przedstawień Madonny apokaliptycznej – opartej na mariologicznej interpretacji tekstu biblijnego (Ap 12, 1-6). Okno boczne, znajdujące się we wschodniej ścianie północnego ramienia transeptu, wypełnia witraż z kompozycją abstrakcyjną. Autorką projektu witraży, wykonanych w latach 1981-1982, jest Teresa Reklewska. 

Wszystkie maswerki, które znajdują się w oknach północnego ramienia transeptu, pochodzą z XIX i XX wieku. Ich złożona forma odbiega znacząco od oryginalnych maswerków z lat 60. XIII wieku, które zachowały się w niektórych oknach południowego ramienia transeptu.