Najbardziej rozległą przestrzenią w podziemiach kościoła jest dwuczęściowa krypta loretańska – pozostałość nieistniejącej kaplicy loretańskiej z 1681 roku. W niezachowanym filarze, umiejscowionym we wschodniej części krypty, znajdowała się nisza z niewielką miedzianą trumną, w której pochowano serce fundatora kaplicy – hrabiego Johanna Franza von Würben und Freudenthal (+1705). Pierwotnie wejście do krypty znajdowało się na skrzyżowaniu nawy i transeptu – przy zachodniej ścianie kaplicy loretańskiej.