Nad kruchtą kościoła, w obrębie przęsła dobudowanego w 2. połowie XV wieku, znajduje się późnobarokowa empora organowa, wsparta na filarach i wolutowych konsolach. Prawdopodobnie została wzniesiona w 1704 roku i zastąpiła chór organowy znajdujący się po północnej stronie nawy. Obecnie empora jest pozbawiona jakichkolwiek elementów zdobniczych – charakteru dekoracyjnego można upatrywać jedynie w lekkim profilowaniu balustrady empory.

Do 1945 roku empora organowa mieściła okazały prospekt organowy, wybudowany w 1737 roku przez Adama Horatia Caspariniego – wrocławskiego organmistrza pochodzenia włoskiego, który wykonał również organy w kościele klasztornym benedyktynów w Legnickim Polu czy bazylice na Jasnej Górze w Częstochowie. Późnobarokowy prospekt posiadał bogatą figuralną i ornamentalną dekorację rzeźbiarską. W latach 1835-1837 organy zostały przebudowane przez organmistrza Moritza Roberta Müllera, a w 1915 roku zrealizowano budowę organów firmy Schlag und Söhne – pozostawiono przy tym prospekt organowy Caspariniego. Obecnie chór organowy mieści współczesny instrument, wykonany przy wykorzystaniu piszczałek organów pochodzących z rozebranego kościoła poewangelickiego w Prudniku, które pozyskano w 1968 roku.