Niezwykle istotnym elementem wystroju prezbiterium kościoła św. Wojciecha są witraże w trzech oknach wielobocznej absydy, która zamyka prezbiterium. Witraże wykonano w 1970 roku w pracowni braci Paczków w Krakowie według projektu Stanisława i Krystyny Pękalskich. Na kompozycję każdego z witraży składa się wizerunek świętego i sceny ilustrujące wybrane epizody z jego życia i działalności, w tym cuda. W środkowym oknie ukazano św. Wojciecha, patrona kościoła, a pozostałe witraże w prezbiterium zostały poświęcone pierwszym polskim dominikanom – św. Jackowi (po lewej stronie) i bł. Czesławowi (po prawej stronie).

Warto podkreślić, że maswerki w oknach chóru, w tym charakterystyczna rozeta w centralnym oknie zamknięcia prezbiterium, powstały w trakcie prac restauratorskich w 2. połowie XIX wieku i na początku XX wieku. Obecny kształt maswerków jest rezultatem regotycyzacji kościoła na przełomie XIX i XX wieku oraz powojennej odbudowy świątyni, choć nie jest wykluczone, że częściowo naśladują formę oryginalnych, niezachowanych przeźroczy okiennych z okresu średniowiecza.