Historia budowy obecnego prezbiterium sięga 1295 roku, z którego pochodzą dwie wzmianki o odpustach udzielanych za nawiedzenie świątyni, a także kaplicy św. Anny i św. Jadwigi przy kościele św. Wojciecha. Prawdopodobnie udzielone odpusty były związane z rozpoczynającą się lub planowaną budową nowego chóru kościoła i zabudowań klasztornych. Z 1300 roku pochodzi zapis testamentowy rajcy miejskiego Mikołaja Słupa, który przeznaczył znaczne środki na budowę prezbiterium.

Prawdopodobnie w pierwszej fazie budowy, trwającej do początku XIV wieku, zakładano wzniesienie prezbiterium zamkniętego prostą ścianą – być może kierując się wczesnymi, stosunkowo restrykcyjnymi przepisami zakonnymi w zakresie architektury klasztorów i kościołów klasztornych. Zapewne wówczas przyjęto rozwiązanie polegające na znaczącym wyniesieniu partii ołtarzowej chóru, pod którą poprowadzono zachodnie skrzydło krużganka klasztornego. Być może również wtedy zdecydowano się na wzniesienie dwóch aneksów flankujących prezbiterium, które mieściły zakrystię i kaplicę Męki Pańskiej. Pierwotny projekt uległ istotnym modyfikacjom na początku XIII wieku – w szczególności zdecydowano się na wieloboczne zamknięcie i wyraźne zwiększenie wysokości prezbiterium. Możliwe, że przyjęte rozwiązania architektoniczne miały na celu zwiększenie prestiżu budowli na tle innych wrocławskich świątyń – a w szczególności franciszkańskiego kościoła św. Jakuba. Okazały chór kościoła klasztornego dominikanów został konsekrowany w dniu 24 września 1330 roku przez biskupa Nankiera.

W okresie siedmiu wieków, które upłynęły od momentu konsekracji prezbiterium, wnętrze chóru kościoła św. Wojciecha ulegało wielu modyfikacjom i przekształceniom. Zapewne jeszcze w XIV wieku, być może w okresie budowy prezbiterium, powstało lektorium, które oddzielało chór zakonny od transeptu, czyli nawy poprzecznej kościoła. Relikty lektorium, które zostało rozebrane prawdopodobnie w 2. połowie XVI wieku, zostały odkryte w trakcie badań archeologicznych w latach 60. XX wieku, ale jego pierwotna forma wydaje się niemal niemożliwa do zrekonstruowania. W 1679 roku powstała kaplica loretańska, którą ulokowano w zachodniej części chóru kościoła. Zapewne w XVII i XVIII wieku prowadzono również inne prace związane z barokizacją wnętrza świątyni.