Kościół św. Wojciecha jest świątynią jednonawową z transeptem, czyli nawą poprzeczną usytuowaną na styku prezbiterium i nawy podłużnej. Budowę korpusu nawowego i transeptu kościoła datuje się na lata 50. i 60. XIII wieku. W literaturze wskazuje się, że pięć odpustów z lat 1251-1254, udzielonych nawiedzającym kościół św. Wojciecha przez papieża Innocentego IX, można wiązać z przygotowaniem prac budowlanych przy korpusie nawowym świątyni. Pierwotną wysokość nawy wyznacza fryz podokapowy, złożony z ceramicznych płytek z motywem arkadek zakończonych lilią heraldyczną, który nawiązywał do zbliżonej dekoracji elewacji dominikańskiego kościoła Trójcy Świętej w Krakowie. Wnętrze nawy zostało przesklepione przy użyciu sklepień czterodzielnych.

Po zakończeniu budowy nowego chóru kościoła św. Wojciecha (około 1330 roku) powstała istotna różnica wysokości pomiędzy prezbiterium a korpusem nawowym, którą zniwelowano poprzez podwyższenie nawy i transeptu o około siedem metrów. W literaturze wskazywano, że podwyższenie korpusu nawowego mogło nastąpić jeszcze w 2. połowie XIV wieku, choć obecnie uważa się również, że nawa i transept mogły zachować swoją początkową wysokość aż do 2. połowy XV wieku. Podwyższenie nawy miałoby nastąpić jednocześnie z jej wydłużeniem w 2. połowie XV wieku, w trakcie którego nastąpiła rozbiórka ściany frontowej kościoła i dobudowanie krótkiego, zaledwie pięciometrowego przęsła od strony zachodniej.