W północnym ramieniu transeptu, po lewej stronie portalu prowadzącego do przedsionka obecnej zakrystii została ustawiona granitowa chrzcielnica pochodząca z kaplicy św. Jana Kapistrana przy kościele klasztornym św. Bernardyna ze Sieny we Wrocławiu. Chrzcielnica została wykonana z granitu i należy do tzw. chrzcielnic kielichowych, które zyskały niezwykłą popularność w okresie średniowiecza. Czasza chrzcielnicy, oparta na planie ośmioboku i pozbawiona elementów dekoracyjnych, jest osadzona na ośmiobocznych trzonie i bazie.

Günther Grundmann datował chrzcielnicę na XIV wiek i wysunął przypuszczenie, że może ona pochodzić z kościoła szpitalnego Ducha Świętego we Wrocławiu, który znajdował się w okolicach dzisiejszej Hali Targowej. W 1597 roku nastąpiła rozbiórka kościoła i szpitala Ducha Świętego, a zaledwie rok później chrzcielnica oraz inne elementy wyposażenia miały zostać przekazane luterańskiemu kościołowi parafialnemu Nowego Miasta, czyli dawnemu kościołowi bernardynów.