Transept kościoła św. Wojciecha został wzniesiony równolegle z nawą kościoła, czyli w latach 50. i 60. XIII wieku. Wprowadzenie nawy poprzecznej stanowiło istotną zmianę w stosunku do domniemanego kształtu wcześniejszego kościoła klasztornego, nieposiadającego transeptu, a powstałego w okresie pomiędzy przybyciem dominikanów do Wrocławia w 1226 roku a najazdem mongolskim w 1241 roku. Początkowo nawa poprzeczna była niższa o około 7 metrów, a jej pierwotną wysokość wyznacza fryz arkadkowy z motywem lilii heraldycznej, zachowany na elewacji transeptu.

Istotna różnica wysokości pomiędzy nowym prezbiterium kościoła, którego budowa zakończyła się przed 1330 rokiem, a starszym korpusem nawowym została zniwelowana w wyniku podwyższenia transeptu i nawy. Mogło to nastąpić w 2. połowie XIV wieku albo dopiero w 2. połowie XV wieku, a więc równolegle z przedłużeniem nawy w kierunku zachodnim. Wówczas w transepcie powstały sklepienia gwiaździste, które zastąpiły wcześniejsze sklepienia czterodzielne lub sześciodzielne.